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2012年4月，开始筹建国家林业局经济林产品检验检测中心（南昌）。

2014年11月28日，中心顺利通过了江西省质量技术监督局的计量认证，获得了“计量认证证书”和“食品检验机构资质认定证书”；中心检测能力参数48项，其中食品19项，植物油脂6项，水质8项，土壤15项。

2015年4月15日，国家林业局科技司组织和带领专家对中心进行评审，一致通过，并于2015年4月23日颁发了国家林业局的授权证书。

2016年12月18日，中心顺利通过省质监局的实验室检测能力扩项；扩充能力参数45项，其中食品48项，植物油脂17项，水质12项，土壤16项。

2017年12月4日，中心顺利通过省质监局组织的复评审；中心检测能力参数117项，其中食品50项，植物油脂18项，水质22项，土壤27项。

2018年12月15日，顺利通过省质监局组织的检验检测机构资质认定扩项评审；新增项目66个，涉及46项检测参数、20个检测方法；中心检测能力参数共计163项，其中食品72项，植物油脂18项，水质29项，土壤31项。

2019年7月1日，中心完成国家林业和草原局经济林产品质量检验检测中心（南昌）建设项目验收；项目完成ICP-MS、氨基酸分析仪、液相色谱仪、离子色谱仪等37台（套）仪器购置、安装、调试、验收和使用，提升中心对林产品质量检验检测的能力。

2020年5月26日，中心参加国家林业和草原局科技司开展的林产品检验检测机构能力验证活动，食用林产品中农药残留和重金属残留含量测定，结果均为满意。

2020年6月22日，国家林业和草原局同意中心更名申请并颁发审查认可授权证书；中心正式由“国家林业和草原局经济林产品质量检验检测中心（南昌）”更名为“国家林业和草原局林产品质量检验检测中心（南昌）”。